Аджария, как и вся Грузия, имеет сложное и разнообразное прошлое. Как историко-географическая единица, она известна с древнейших времён. По мнению ученых, данная территория населена со времён каменного века. Памятники этого времени найдены около горного курорта Бешуми. Ну а бассейн реки Чорохи являлся одним из основных очагов бронзовой металлургии. Соответственно, на территории Аджарии часто встречаются памятники бронзового и раннежелезного периодов.

В грузинской летописи Аджария впервые упоминается в III в. до н. э. как часть Картлийского царства. Аджария является колыбелью христианства в Грузии. Это историческое явление огромной значимости связанно с именем апостола Христа – Андрея Первозванного, пришедшего в Аджарию со словом Божьим.

С I в. н. э. связана также крепость Гонио-Апсарос, которая расположена около г. Батуми в Гонио. Его называют грандиозной колхидской цитаделью, которая по сей день является ярким наследием славной истории Аджарии и предметом археологических исследований. Кроме этого именно на территории Гонийской крепости обнаружена важнейшая святыня христианства – могила апостола Мататы. Как известно, этот апостол был принят в ряды двенадцати избранных вместо Иуды Искариота. Исторические источники сообщают, что в последние годы своей жизни он жил в Аджарии и тут же погребён.

В средние века в Аджарии были прекрасно развиты архитектура, литература, переписка книг, обработка дерева и кожи. 

В XVII в. Аджарию завоевала Османская империя. В 1609 г. она освободилась и присоединилась к Гурийскому княжеству. Но в 1614 г. снова оказалась в руках османов и до 1878 г. стонала под их игом. На протяжении всего времени маленькая Аджария не покорялась огромной Османской империи. Жители этого уголка поднимали восстания, втайне следовали христианской религии, передавали из поколения в поколение грузинские и православные традиции, защищали родной язык. В 1878 г., в результате Русско-турецкой войны Аджария была возвращена Грузии. С конца XIX в. начался новый этап в истории Аджарии. Уголок стал на путь экономического и социального возрождения. После установления советской власти в Грузии, в 1921 г., Аджарию объявили автономной республикой. Этот статус сохранён за ней и по сей день.

После ноябрьских явлений 2003 г., именуемых «Революцией роз», в мае 2004 г. население Аджарии сделало свой выбор и сегодня Аджария вновь на пути возрождения.